I primi insediamenti che interessarono il territorio di Barbata furono quelli di alcune piccole tribù del popolo dei Liguri, seguiti dagli Etruschi prima e dai Galli Cenomani poi. Tuttavia in tal senso non esistono ritrovamenti che diano la certezza di queste origini, che vengono dedotte dalla storia dei vicini paesi, interessati da sempre dagli stessi flussi migratori. La prima vera opera di urbanizzazione fu invece opera dei Romani, che vi istituirono diversi presidi militari, come si può evincere dalla vicinanza con un importante crocevia di strade che, collegando gli estremi della pianura padana, rendeva la zona particolarmente importante sia dal punto di vista militare che da quello dei trasporti. Si succedettero quindi le dominazioni dei Longobardi e dei Franchi.

A questo periodo risale il primo documento scritto che attesta l’esistenza del toponimo Barbata: risalente all’anno 875, cita che i diritti sulla curte de Barbada venivano confermati da Lotario I al monastero bresciano di Santa Giulia. Tale concessione venne confermata per un secolo, come riportato da un atto del 950. In quegli anni cominciarono a verificarsi scontri fratricidi tra le diverse anime della popolazione: quella guelfa e quella ghibellina.

Già nel IX secolo infatti il borgo era circondato da una fortificazione, che venne progressivamente ampliata tra il XIV ed il XV secolo: oggi sono visibili solo alcune tracce della torre d'ingresso e della merlatura del fortilizio originario, che venne inglobato in un cascinale. Dopo una breve parentesi comunale il potere finì nelle mani dei Visconti, importante famiglia di Milano, mentre nel XV secolo passò nelle mani della Repubblica di Venezia, che compì numerosi interventi volti al miglioramento delle condizioni sociali e lavorative, dissodando terreni e costruendo canali per l'irrigazione. Da allora il paese ha mantenuto una forte connotazione e tradizione rurale, con l'agricoltura attività predominante.

Tuttavia in questi anni il paese, come gran parte dei borghi della pianura bergamasca posti nelle vicinanze del confine, dovette subire le scorrerie dei milanesi che, ancora soggetti all’influenza dei Visconti, erano intenzionati a riprendersi questi territori, compiendo anche atti di rappresaglia contro la popolazione.

I successivi regimi si susseguirono senza riguardare direttamente questo piccolo comune, che seguì le sorti del resto della provincia. Soltanto nel corso del XX secolo il paese ha visto un sostanziale cambiamento della vita lavorativa: all'agricoltura sono subentrati l'industria ed il terziario, relegando il lavoro nei campi a parte minoritaria.